Todo comenzó en la primavera de 1984 con la formación de Green River, el que pronto sería un influyente grupo punk de Seattle, se forma cuando Jeff Ament y Stone Gossard se juntan con Mark Arm y Steve Turner, los futuros hombres de Mudhoney. En unos meses telonean a leyendas del punk de los '80 como Dead Kennedys, Sonic Youth, Butthole Surfers y Jane's Addiction. Sin embargo en Octubre de 1987 Green River se separan por diferencias creativas. Tres meses después Gossard y Ament empiezan a tocar con el cantante Andrew Wood y forman Mother Love Bone. En dos años de existencia Mother Love Bone consigue originar una lucha entre discográficas para ficharlos, hacen una gira por USA, publican un EP y graban un esperadísimo álbum de debut.
El 19 de Marzo de 1990 Andy Wood muere de una sobredosis de heroína a menos de un mes del lanzamiento previsto de Apple, el álbum de debut de Mother Love Bone, que finalmente se publica ese verano. (reeditado con el título de Mother Love Bone en 1992). Ese mismo verano Ament y Gossard empiezan a tocar con el guitarrista Mike McCready y el núcleo de un nuevo grupo empieza a tomar forma. Los tres graban una maqueta (con la ayuda Matt Cameron, el batería de Soundgarden y futuro batería de Pearl Jam), la maqueta llega a manos del surfista de San Diego Eddie Vedder, por medio de Jack Irons, futuro batería de Pearl Jam. Vedder graba su voz y sus letras en la maqueta y la envía de vuelta a Seattle. Dave Krusen es elegido como batería ya que Jack Irons rechazó el puesto. La formación es ahora: Krusen a la batería, Gossard y McCready a las guitarras, Ament al bajo, y Vedder como vocalista. El grupo, que ahora se llaman Mookie Blaylock, por un amigo del grupo, jugador de la NBA, da su primer concierto en un pequeño club de Seattle, el Off Ramp, grabando su primera maqueta profesional en los estudios de Seattle, London Bridge Studio, con el productor Rick Parashar.
En 1991 Mookie Blaylock se embarcan en su primera gira como teloneros de Alice In Chains y vuelve a los estudios de grabación London Bridge con el productor Rick Parashar para grabar Ten, su álbum de debut para Epic. La grabación se completa en una semana y durante la misma cambian el nombre a Pearl Jam. El 16 de Abril se publica Temple Of The Dog en A&M Records. El álbum es un tributo a Andrew Wood, creado por Chris Cornell y Matt Cameron (entonces de Soundgarden) y por los componentes de Pearl Jam: Stone Gossard, Jeff Ament, Mike McCready y Eddie Vedder. Durante un concierto en el RKCNDY de Seattle se graba el video de Alive, el primer single de Pearl Jam. Después de dos meses de gira con el batería Matt Chamberlain (antiguo batería de Edie Brickell & The New Bohemians, y más tarde de Tori Amos y Fiona Apple), Dave Abbruzzese se une a Pearl Jam y toca por primera vez con ellos en un concierto gratuito en el Mural Amphitheater de Seattle ante 4000 personas.
El álbum Ten sale a la calle el 27 de Agosto de 1991, un año más tarde el disco alcanza su puesto más alto en las listas americanas llegando al Nº2, para empezar su primera gran gira por USA como teloneros de Red Hot Chilli Peppers y Smashing Pumpkins. La gira culmina con el concierto de Fin de Año en San Francisco, con los Chilli Peppers y Nirvana.
Dos años después publican su segundo álbun, Vs, en el Site de San Francisco, rematando las sesiones con un concierto sorpresa el 13 de mayo en el pequeño club Slim's y se les otorgan cuatro MTV Video Music Awards. El álbum debuta en el Nº1 de la listas americanas y vende casi un millón de copias en sólo una semana.
En 1994 sale a la luz el tercer disco de la banda, Vitalogy. El álbum se edita en CD, cassette y mini-disc dos semanas después de su lanzamiento en vinilo. Con unas ventas de más de 877.000 copias en una semana, se convierte en el segundo record de ventas en la semana de debut (después de Vs), y el álbum entra directo al Nº1 en la lista de superventas. Se mantiene en el Nº1 durante cinco semanas consecutivas.
En 1996 Pearl Jam obtienen su primer premio Grammy en la categoría de "mejor actuación hard rock" por Spin The Black Circle, y publican su cuarto disco, No Code, que debuta en el Nº1 de la lista Billboard de álbumes.
Al final de 1997 telonean a los Rolling Stones en sus cuatro conciertos en el Oakland Stadium de Oakland (California), en los que estrenan temas de su próximo álbum Yield que sale a la venta a principios de 1998. El batería Jack Irons no participará en la gira de verano del grupo, es sustituido por el ex batería de Soundgarden Matt Cameron.
A finales de 1998 se produce el lanzamiento del primer álbum en directo de Pearl Jam; Live On Two Legs, grabado durante la gira del 98.
En Marzo de 1999 Pearl Jam comienzan las sesiones preliminares para la grabación de su sexto álbum de estudio con Matt Cameron a la batería. Binaural, sale a la venta el 15 de marzo de 2000.
El nuevo milenio trae discos como Riot act (2002) su séptimo disco de estudio, Live in Tokio (2003) un directo desde Japón, Lost Dogs, un doble disco de rarezas y caras B
Inevitablemente, la muerte de Kurt Cobain, espíritu afín y enemigo declarado de Eddie Vedder, tuvo una influencia decisiva en el disco de Pearl Jam de aquel año. Hasta canciones como Spin The Black Circle tenían una carga anti-sistema mucho más acentuada que el resto de su repertorio. Pero es en Last Exit en la que se puede sentir más claramente el sentimiento de pérdida y frustración: If one cannot control his life, will he be driven to control his death? Si uno no controla su propia vida, ¿se le permitirá controlar su muerte?-, se pregunta Vedder mientras la banda se arranca con furia nihilística. Hay más: en Inmortality queda claro cuál fue el destino del mito: Some die just to live Algunos mueren sólo para vivir-, aunque, al final, Eddie Vedder también toma partido, distinto al de Kurt, en Tremor Christ: Ill decide take the dive, take my time and not my life Decidiré pegar el salto: toma mi tiempo, pero no mi vida-
Pearl Jam ha anunciado algunos detalles de su plan para desalentar a los piratas discográficos durante su actual gira europea. 
El grunge conquistó el mundo con Nirvana, pero Pearl Jam demostraron desde su inicio que había que contar con ellos. Ten, su disco debut, puede ser el mejor de toda su carrera, con canciones vigorosas llenas de melodías de calidad. Eddie Vedder supo transmitir la gris realidad de su entorno en temas como Alive o Even flow.
Parece mentira que con un nombre que hace referencia a la mermelada
"Planean entrar al estudio para el invierno, pero no se sabe cuándo terminarán la grabación", aclaró la promotora de la banda Kelly Curtis a la revista Billboard.